AACT 临床试验 MCP 服务器

概述

这是一个使用 FastMCP 框架实现的模型上下文协议 (MCP) 服务器，提供对 AACT（ClinicalTrials.gov 的汇总分析）数据库的访问。该服务器允许 AI 助手直接查询 ClinicalTrials.gov 数据库中的临床试验数据。

功能

工具

• list_tables

  • 获取 AACT 数据库中所有可用表的概览
  • 在分析之前了解数据库结构非常有用

• describe_table

  • 检查特定 AACT 表的详细结构
  • 显示列名和数据类型
  • 示例：{"table_name": "studies"}

• read_query

  • 在 AACT 临床试验数据库上执行 SELECT 查询
  • 安全处理带有验证的 SQL 查询
  • 示例：{"query": "SELECT nct_id, brief_title FROM ctgov.studies LIMIT 5"}

• append_insight

  • 记录在分析过程中发现的关键发现和见解
  • 帮助构建分析叙述
  • 示例：{"finding": "过去 5 年内，三期肿瘤试验增加了 15%"}

资源

• schema://database

  • 以 JSON 资源的形式返回数据库模式

• memo://insights

  • 返回会话期间收集的格式化见解备忘录

配置

必需的环境变量

• DB_USER: 您的 AACT 数据库用户名
• DB_PASSWORD: 您的 AACT 数据库密码

使用 Semantic Kernel

from semantic_kernel import Kernel
from semantic_kernel.connectors.mcp import MCPStdioPlugin

# 创建一个 AACT 临床试验 MCP 插件
aact_mcp = MCPStdioPlugin(
    name="aact",
    description="临床试验数据库插件",
    command="uvx",
    args=["mcp-server-aact"],
    env={
        "DB_USER": "your_aact_username", 
        "DB_PASSWORD": "your_aact_password"
    }
)

# 添加到 Semantic Kernel
kernel = Kernel()
kernel.add_plugin(aact_mcp)

示例提示

以下是一些使用此插件的示例提示：

1. "乳腺癌临床试验中最常见的干预类型是什么？"
2. "2023 年完成了多少个三期临床试验？"
3. "显示不同国家糖尿病试验的入组统计数据"
4. "过去 5 年内有多少百分比的肿瘤试验报告了结果？"

实现细节

该服务器使用以下技术构建：

• FastMCP 用于模型上下文协议实现
• Python psycopg2 用于 PostgreSQL 数据库连接
• AACT 数据库作为 ClinicalTrials.gov 信息的数据源

许可证

MIT 许可证

贡献

我们欢迎贡献！请：

• 在 GitHub 上打开一个问题
• 开始讨论
• 电子邮件：jonas.walheim@navis-bio.com

致谢

该项目受到以下项目的启发并最初基于其代码：

• SQLite MCP 服务器
• DuckDB MCP 服务器
• OpenDataMCP

感谢这些优秀的项目为我们指明方向！🙌