Nextflow 开发者工具 MCP

一个专为 Nextflow 开发和测试设计的 Model Context Protocol (MCP) 服务器，基于 FastMCP 构建。

[!WARNING]
本 MCP 专用于开发 Nextflow 核心框架，而非用于编写 Nextflow 管道。

概览

该 MCP 提供以下 Nextflow 开发工具集：

• 从源码构建 Nextflow
• 运行测试（集成测试/指定测试/插件测试）
• 运行开发版 Nextflow
• 管理 Nextflow 开发目录
• 访问 Nextflow 文档

安装

前置条件

• Claude 桌面应用
• Python 3.8+ 及 pip
• 本地克隆的 Nextflow Git 仓库

通过 FastMCP 安装（Claude 桌面版）

1. 安装 FastMCP CLI 工具：

pip install fastmcp

2. 克隆本仓库：

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. 在 Claude 桌面应用中安装 MCP：

fastmcp install mcp-nextflow.py

通过 FastMCP 安装（Cursor 编辑器版）

1. 获取包含 FastMCP CLI 工具的虚拟环境路径（使用 uv 时位于 .venv 目录）
2. 获取 Nextflow 仓库克隆目录
3. 在 cursor MCP servers 中添加如下配置：

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

安装后，在 Agentic 模式下输入 "test the nf-amazon plugin" 即可执行 make test module=plugins:nf-amazon。

环境变量设置

安装时可指定 Nextflow 目录：

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

在 Claude 中使用

安装完成后：

1. 启动 Claude 桌面应用
2. 点击界面中的 Tools 菜单按钮
3. 从已安装 MCP 列表选择 Nextflow Developer Tools

在 Cursor 中使用

Cursor 是集成 Claude 的 AI 代码编辑器。使用方法：

1. 确保已按上述步骤安装 MCP
2. 在 Cursor 中打开 Nextflow 项目
3. 与 Claude 对话时引用 MCP 功能：
   复制代码

   使用 Nextflow 开发者工具运行 nf-amazon 插件的集成测试